TLDR: Mrkneme dneska díky kemům na projekt platformy DNAnexus, který snad pomůže rychleji vyvíjet terapeutika a léčit genetické choroby. Oznámení tuna.

Jak spojit již spojené?

Propojování vědátorů je na první pohled snadné – máme přece internet! Dokonce platí, že internet vlastně původně vznikl právě pro propojování vědátorů! Síť ARPAnet na přelomu 60. a 70. let vůbec poprvé sesíťovala počítače napříč Amerikou do jediného systému právě pro předávání informací mezi laboratořemi. Jenže – od té doby se nám internet trochu změnil a nabyl na složitosti…

Dnešní věda má jiný problém, než jen absenci propojení – je problém se v ní zorientovat. A to jak co do používaných nástrojů, tak i dat. Věda denně generuje petabajty dat, které někde leží na discích a v těžkopádných laboratorních systémech, protože jde o taková kvanta dat, že není snadné je za běhu výzkumu uploadovat. Mohou ale hypoteticky skrývat třeba nový lék na rakovinu, důkaz o existenci ufonů či odpověď, kolik andělů se teda vejde na špičku jehly (případné jiné konečné aplikace, které nejsou tak šokantní, ale stále potěší)!

Tato kvanta dat není navíc problém jenom někam uložit na Ulož.to, ale je také složité číst a sdílet – právě to se platforma DNAnexus snaží řešit, a vrací vědcům data do rukou na pár kliknutí. To může pak usnadnit i praktické kroky ve výzkumu.

Encyklopedie pro vědátory

Například vědátor v Číně se tak setká s mutací genu, a myslí si, že se s ni předtím nikdo nesetkal. Když klíčová slova ale projede v DNAnexus, tak zjistí, že francouzský vědec na tu samou mutaci narazil před pěti lety. Najde ji totiž v cloudu a může svůj výzkum stavět už na znalostech. Bez něj by se k této informaci nedostal a bádal by naprosto zbytečně, či přinejlepším redundantně.

To celé samože jen za předpokladu, že se v celkovém informačním šumu informace o platformě neztratí, což je důvod, proč ji zmiňuju i na svém webu. DNAnexus  nabízí možnost farmaceutickým firmám, laboratořím, vědcům, nemocnicím a univerzitám po celém světě spolupracovat v jednotném prostředí. Vědci a lékaři v ní mohou hledat, listovat, sdílet a analyzovat data ve velkém.

Technologie vznikla při Stanfordské univerzitě, ustálila se v Silicon Valley, ale podstatná část vývoje se poté přesunula do Prahy. Místní lidé stojící za DNAnexus mi tak poslali info o ní s tím, jestli bych ji nemohl pomoct zpropagovat.

Na špici výzkumu

Česká větev platformy v dnešní době rychle posiluje a rozrůstá se i do dalších regionů, které vnímá jako akademicky významné. V nedávné době se například stala klíčovým partnerem mezinárodní konference Mendel22 Genetics Conference.

Zrovna v biomedicínském výzkumu má česká věda velmi dobré mezinárodní jméno – vzpomenout lze v tomto ohledu na špičkový výzkum celosvětového významu u doktora Antonína Holého z pražského Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR, který dodnes slouží základ antivirotik pomáhajících zvládat pandemii HIV/AIDS. Je proto jenom logické, že chceme-li zůstat na špici výzkumu, bude třeba k tomu vyvinout i nové nástroje.

Držím proto autorům DNAnexus pěstičky, a doufám, že i díky jejich nástroji bude bádání v laboratořích zase o něco plynulejší!

[Ladislav Loukota]

Vědátor vzniká v dílně spolku studentů a popularizátorů vědy UP Crowd za podpory MUDRstart, který tvoří přípravné testy pro studenty vysokých škol. Krom různých autorů projekt jako šéfredaktor vede Ladislav Loukota – jeho kontaktní mail je vedatororg@seznam.cz