AKTUALIZOVÁNO: Mutace Epsilon umí částečně obejít imunitu – naštěstí skoro vymřela

TLDR: Trio mutací ve spike-proteinu naznačuje, že kmen CAL.20C (B.1.427/B.1.429) alias Epsilon, odhalená v Kalifornii umí zcela částečně vybudované protilátky. Daný kmen se ovšem již objevil v lednu – a od té doby zřejmě už prohrál svůj evoluční boj. Studie tu.

Aktualizováno 10.7.: Na popud Markéty Tomkové, která mi napsala, že původní interpretace článku „nebyla nejšťastnější“, protože v zásadě nesrovnávala s infekčnost jinými kmeny, jsem text níže doplnil o několik primárně jejích dodatků. Spoiler Alert: vypadá to optimističtěji, než jaký byl původní point článku.

Delta je minulost (?)

Trochu jsem doufal, že se dalším článkům o covidu na nějaký čas vyhneme. Mám dokonce rozdělaný artikl o tom, že imunita proti covidu, ať už z vakcinace nebo z prodělání nemoci, vydrží nafurt (resp. až do smrti, ale to v tomto případě nezní tak optimisticky). Jenže na 1. června se objevila nová studie, která identifikuje novou variantu covidu, která dovedla částečně obejít imunitu vybudovanou z vakcín i prodělaného onemocnění…

To není něco, co je zcela nečekané. Rok a čtvrt zpátky jsem psal o tom, že časem se něčeho takového jednou dočkáme. A trvalo to rozhodně déle, než jaká je mutační rychlost u chřipky. Vakcín jsme se dočkali a covid v proočkovaných zemích klesá! Ale jako všechno na tomto světě, i dosavadní úspěchy můžou být jenom dočasné. A byť (spoiler alert!) Epsilon následně zmizel, jeho výskyt připomíná, že současná pohodová situace nemusí vydržet nafurt (resp. až do smrti, ale to v tomto případě zní ještě o něco méně optimističtěji…).

Pro maniaky, kteří si obalují čelo alobalem, se asi hodí vysvětlit, proč je mutace genů spike-proteinu tak významná. Spike-protein je jako klíč pro interakci viru a buněk. Jakmile se imunitní systém naučí, že s tímhle klíčem zapadajícím do buněčných zámků souvisí problémy, může spustit imunitní reakci. „Nový“ spike-protein ve variantě Epsilon je ale totéž, jako kdybyste klíč vyměnili.

Furt (bohužel) pasuje do vašeho zámku, ale dopředu už to nepoznáte. Tělo si tak musí znovu prodělat infekci a znovu vybudovat nové protilátky, anebo je nutné analogicky očkovat nové mRNA vakcíny s informací tohoto spike-proteinu. Prostě bychom začínali nanovo.

Může jít o obrázek text, kde se píše CT-P59 S2M11 L452R E RBD S2L20 S2M11 glycans LY-CoV555 N343 glycan RBD L452R N331 glycan c N122 glycan W152C N165 RBD B-hairpin Y S2X333 N165 glycan N122glycan NTD .N-terminus Supersite S2L20 NTD N282 glycan ACE2 N234 glycan N61 glycan L452R RBD
Seznamte se s Epsilonem. Zdroj: McCallum et al, Science 2021

Vo co go?

Nová varianta s názvem CAL.20C (B.1.427/B.1.429), později podle WHO přejmenována na příjemnější Epsilon, byla původně zjištěná v Kalifornii už na 17. ledna. Nese řadu mutací, ale nejzajímavější jsou S-protein mutace S13I v signálním peptidu, W152C v N-terminální doméně (NTD) a L452R v doméně vázající receptor (RBD). Což většině z vás asi nic neřekne, ale chtěl jsem vypadat chytře. V praxi to znamená, že takto novátorské S-proteiny mají různou míru snižující efektivity proti současným protilátkám.

Takže mutace L452R snížila neutralizační aktivitu 14 z 34 specifických monoklonálních protilátek (mAbs). To ještě není tak špatné. Ale mutace S13I a W152C již vedly k úplné ztrátě neutralizace u 10 z 10 (!) testovaných protilátek. A to už je poměrně nepříjemné! Má to ale několik ale níže…

Dodatek: První aktualizací je nicméně skutečnost, že celkově studie u Epsilonu pozorovala pouze mírné snížení (2-3,5x) neutralizačních titrů, menší než např. varianta beta (jihoafrická). I u té víme, že očkování funguje – např. Pfizer na 75 %.

Dodatek: Druhou aktualizací je pak fakt, že podobné mutace mají i jiné, rozšířenější kmeny. Oproti poklesu neutralizace u Epsilon je totiž i u varianty Delta je v některých studiích pokles neutralizace větší. Např. pro variantu delta je pokles 5,8x (pro variantu beta 4,9x). Čím větší pokles, tím menší (predikovaná) účinnost vakcíny.

A varianta Delta má extrémně vysokou transmisibilitu, zatímco Epsilon nemá signifikantní zvýšení. Takže Delta i Beta jsou po všech stránkách nebezpečnější, protože celkově (nehledě na „nové“ geny u Epsilonu) nakazí víc lidí a mají horší vlastnosti.

Zdroj: Comedy Central
Zdroj: Comedy Central

Přeformulováno: Ani mutace S131 tedy neznamená automaticky, že dosavadní imunizace (očkováním i proděláním covidu) by byla zcela zbytečná. Je totiž zjevné, že imunitní buňky by reagovaly efektivněji než pouhé protilátky. Taktéž zjevně chybí data o tom, jestli neutralizace protilátek má vliv na průběh choroby. Můžeme taky doufat, že imunita proti starému dobrému prapůvodnímu covidu aspoň nějak sníží vážné průběhy. Ale jistě to prostě nevíme – leccos ale naznačuje, že zatímco Delta se šíří dále, Epsilon nikoliv.

Doteď jsme tu totiž měli (původně) nepříliš pozitivní info, ale teď je čas na dopředu avizovaný zvrat: varianta epsilon momentálně již (téměř) neexistuje!

Zdroj: CoVariants

Hurá, vyhráli jsme!

Jak jsem zmínil, Epsilon byl detekován už v lednu. Jenže v dalším zápolení mezi různými kmeny se nakonec docela vytratil! Vrcholu evidence dosáhl v únoru, momentálně stav detekovaných variant epsilon klesá k nule. Hurá, vyhráli jsme! Vyhráli jsme?

Zmizení Epsilonu nemusí znamenat, že se jeho mutace nikdy znovu neobjeví znovu. Naopak lze poměrně jasně říct, že čím více lidí bude covid prodělávat dále, tím vyšší je riziko mutací. I jiné nynější kmeny se objevily „paralelně“, čili se vyvinuly nezávisle na sobě. Protože evoluce preferuje stejné řešení nehledě na geografickou oblast. Ale zdá se, že alespoň prozatím jsme se kulce jménem epsilon vyhnuli!

Prozatím… Střílet se totiž ještě nepřestalo.

Jak vlastně varianta obcházející mutace může takhle zmizet? To je prosté – mutace S-proteinu často vytvářejí kompromis mezi infekčností a imunitním únikem. Takže k nějaké klíčové mutaci, unikající imunitě, se třeba nabalují další a zkoušejí vyvážit negativní vliv na infekčnost. Z přírodovědy základní školy máme dojem, že evoluce jde jenom jedním směrem, v reálu ale na pozitivní mutace existuje větší počet mutací negativních. To ale opět neznamená, že stejné mutace nebo jejich kombinace se neobjeví časem znovu – a tentokrát už mohou být v efektivnější kombinaci.

Je to taková komplexní hra v házení kostkou. Teď nám ta kombinace docela vyšla, i když to tak na první pohled nevypadalo. Ale čím více se viru bude dávat prostor pro další házení kostkou, tím více se zvyšuje šance, že mu padnou výhodnější čísla.

Jako obvykle pro čtenáře, kteří mají pocit, že „sE tÍmHlE iNfEm jEn sTrAšÍ“, se hodí připomenout, že ani na Epsilon bychom jistě všichni nevyhynuli, že cílem očkování je hlavně omezit těžké průměry atd. atd. Mám však stále výrazněji pocit, že takové disclaimmery jsou házením hrachu na stěnu.

Hlava v písku

Když byly v týdnu zveřejněny informace o tom, že covid byl v loňském roce druhou nejčastější příčinou úmrtí, v diskuzi pod tímhle odhalením se to skoro oslavovalo s tím, že to „jasně dokazuje“, že covid není problém! Akorátževůbec – aby zbrusu nová choroba byla druhou nejčastější příčinou úmrtí (byť ano, typicky „jen“ v segmentu seniorů), to sakra není úplně výhra! Tím spíše, že vrcholu epidemie dosáhla letos. A zvláště když uvážíme, že jsme kvůli ní měli půl roku zavřený stát.

Možná, že kdybychom proti autonehodám bojovali tím, že úplně zavřeme silnice, taky by to na ně fungovalo! Ale možná by bylo dobré se takovým plošným řešení vyhnout, pokud přímo nehrozí katastrofa.

Autonehody se naštěstí neumějí šířit. Infekční choroby ano. A na přechodu pro chodce se kvůli tomu prvnímu stejně rozhlížím, aniž bych kvůli tomu ztratil spánek.

Tou nejlepší cestou k předejití dalším lockdownům je tedy znát realitu, znát její rizika a znát navrhovaná jiná řešení. Třeba očko, třeba izolaci, dle situace a kontextu. A v ideálním případě s pomocí státu. Což ovšem žel bohům není vždy zrovna případem.

Strkání hlavy do písku mezi taková řešení ovšem patří zřídkakdy. A to ačkoliv doufám, že další článek o covidu (čili další významné zjištění kolem něj) budu muset sepsat zase až za dlouhý čas

[Ladislav Loukota, Jana Fialová Kučerová]

Vědátor vzniká v dílně spolku studentů a popularizátorů vědy UP Crowd za podpory MUDRstart, který tvoří přípravné testy pro studenty vysokých škol. Krom různých autorů projekt jako šéfredaktor vede Ladislav Loukota – jeho kontaktní mail je vedatororg@seznam.cz

1 komentář: „AKTUALIZOVÁNO: Mutace Epsilon umí částečně obejít imunitu – naštěstí skoro vymřela

  • 07. července 2021 (09:34)
    Permalink

    s tím hrachem jsi to uhadl. covid19 je rna ví rus, vypina urcite systemy v tele, tak aby zustal zde resp. u nas v zemi pouze jeden clověk pres ktereho se prolijou veskera data vseho vsude, On pak zalozi novo civilizaci resp. jeho potomci poskaců vsecky roby take slechtení. ten nevirus, nevi rus ani rus je v kvantove supra pozici a tedy vznika na zaklade krizeni dat, jak zle pomyslis hned sa v tobe zhmotni, muzeme to videt vseliak. tady jsme v realite trava OS TRAVA. jinak jsme v kvantovem pocitaci a klonech homidu gen upravenych Mendelem zastrihle rna HRAcHU setiHO, genetickeke nuzky MODE RNA apod sestrihavaji tak abychom se vratili z marsu na zemi i s marsem a marz zde aktivovali. tak se to ptojevuje napr. toRNAda pulka Hrusky. ja su hruska tomas T,H, z VK – EAR-TH, DAR-TH, THEOLOGIA, TH, TTEMNA HMOTA. BO,hRUSKA, h.INDUISMUS, hUSA a Tabornici Trampove , obo den BI-DEN, Bible je BILE (b+P=8 osm, k.osm.as, v tele.port,AS, Bily dum, indicke Bili, AS-jA, a tak do nekonecna. no rok 2020 sa znaci MMXX xx jsou ty dvoje presipaci hodiny na davidkove hvezde. ceka republika.

    Reagovat

Napsat komentář

Vaše emailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *

Reklama