Ne, koronavirus se nestává nakažlivější – to je už od jara

TLDR: Šíří se internetem zkazky o nové studii, podle níž se SARS-CoV-2 stává více nakažlivý, protože se více šíří jeho nová mutace. Ve skutečnosti je ale ona mutace v Evropě dominantní od počátku nákazy. Studie tu.

Celou dobu s námi

Zatímco Češi oslavují, že jsou v rámci Evropy zase jednou mistři, rozmáhá se nám tu opět nešvar v podobě nových mýtů kolem mutací nového koronaviru SARS-CoV-2. Různá světová média od Washington Post po Seznam, zmínily  asi před čtrnácti dny novou práci, podle které „virus během pandemie neustále mutuje a odborníci věří, že se stává nakažlivějším. Vědci to považují za důvod, proč opět začaly růst počty případů v USA.“

Jak je to doopravdy? Inu, přesně podle klasikova „jo, ale ne“.

Viry samozřejmě mutují běžně – to je to, co viry jaksi ze své podstaty dělají. Ale přibývá nakažlivější varianty nového koronaviru? To už nutně ne. Stručně se dá říct, že nového mutantního nakažlivého viru se opravdu bát nemusíte. Je tu s námi totiž už od jara!

Pro méně stručnou odpověď se podíváme do originálního článku ve formě preprintu studie (článek je tak čerstvý, že na něm pixely ještě nezaschly…), ve kterém byly studovány sekvence SARS-CoV-2 v okolí Houstonu na jaře a nyní. A autoři skutečně objevili, že jim stoupá podíl varianty zvané D614G, označující záměnu jedné aminokyseliny ve Spike proteinu viru, která pravděpodobně způsobuje vyšší infekčnost (což je tentokrát prestižní časopis Cell, na kterém už zasychávají pixely už celé prázdniny).

Ale pro nás ta informace nemá téměř žádný význam. Proč? Především protože nežijeme v okolí Houstonu, ale i z jiných důvodů…

Zdroj: MGM Cartoons, vlastní

Po stopě mutací

V první řadě platí, že daná mutace je v zásadě poměrně stará. O existenci mutace D614G a o tom, že se vyznačuje vyšší nakažlivostí, se mluví už měsíce. V řadě druhé ale nynější návrat onemocnění COVID-19 v Evropě skoro zcela jistě nezpůsobuje nový kmen viru, ale kmeny, které tu máme už půlrok.

Je pravda, že v USA se virus šířil jednak přes Tichomoří přímo z Asie, tak i na východní pobřeží z Evropy. Tedy od nás. V našich krajích se už od prvních infekcí ovšem vyskytuje varianta viru dovezená z Itálie. De facto celá Evropa měla tedy od počátku první vlny onemocnění velmi nízké procento jiných podskupin… než těch skupiny G.

Zbičujme se za ale naši kolektivní mrzkost pár údaji z databáze GISAID. Nový koronavirus se podle přítomnosti mutace D614G a dalších, rozděluje několik skupin: ale pro zjednodušení je označíme jako „G + jeho podskupiny“ a „jiná písmena než g“ (pro přehlednost se označují podle aminokyseliny příslušné mutace, takže je jich jen pět, ale A, B nebo C mezi nimi nehledejte).

Časová osa podskupin SARS-CoV-2 ve světě. Modré varianty G, GR a GH v čase postupně převládají. Zdroj: GISAID/Nextstrain

První sekvenovaný virus u nás je skupiny G a příbuzné podskupiny (mutace  D614G + další mutace) GR a GH se u nás vyskytovali už 5. března.

Z celkových 89 českých sekvencí viru v databázi GISIAD k dnešnímu dni (8.10.) jsou pouze 4 jiné podskupiny než G. Podobná situace je v podstatě v celé Evropě. Jinými slovy, závěry oné prepublikované studie jsou nám asi stejně užitečné, jako tvrzení, že v Americe měří imperiálními jednotkami…

Už měsíce se přitom sledují postupy v Jižní Americe, kde se už prakticky jiné než podskupiny G/GR/GH ani nevyskytují. Co to celé znamená?

Vyfiltrované varianty z ČR v grafu podle data odběru vzorku.
Novější (srpen a září) výsledky v tomto grafu zatím chybí, ale od poloviny března nebyl zachycený žádný virus jiných podskupin než G/GR/GH.
Počet celkem (a i na tomto grafu) je ovšem v ČR poměrně malý, zatím.
Zdroj: GISAID/Nextstrain

Nový kmen za to nemůže

Nejenže se k nám tedy nemůže žádná nakažlivější varianta šířit, protože už tu byla, navíc je už všude poměrně dlouho. Také samozřejmě nelze říct, že se od jara virus už zmírnil, jak se dalo různě zaslechnou – protože podskupina, o které se spekulovalo, že by mohla být mírnější, je rovněž ona podskupina G/GR/GH. Nakonec se ukazuje, že ani žádný zásadní rozdíl v „mírnosti“ tam nejspíš není.

„Nová“ studie tak není ani tak překvapivá, jako je spíš docela důkladná, protože si vzala na paškál přes 5000 sekvencí. Jejich počet je samozřejmě důležitý, protože obvykle se sekvenuje jeden virus v clusteru. Ale databáze GISAID má něco kolem 100 000 sekvencí, takže z toho už nějaké závěry činit dají.

Počty v podskupinách G/GH/GR a ostatních v rámci Evropy, v čase.
Na mapce vedle jde vidět i celkové zastoupení jednotlivých kmenů v různých zemích (ty ale neberou ohled na časovou posloupnost).
Virů jiných podskupin než G/GH/GR vEvropě nikdy moc nebylo.
Zdroj: GISAID/Nextstrain

Sečteno a podtrženo – za vzestup epidemie v našich krajích nemůže nový, zlejší virus, ale… nejspíše cosi jiného! Možná bagatelizace rizik, možná hejty proti rouškám, možná nějaký černokněžník – vážně těžko říct!

Virus samozřejmě pořád mutuje, což však opět víme od počátku a není na tom nic divného – stejně jako víme, že mutuje několikanásobně pomaleji než virus chřipky. Není žádný důvod se ani domnívat, že by to mělo ohrozit vznikající vakcíny.

Takže staré zprávy, staří mutanti a stará infekčnost – ale po jejich boku také virální článek, který přebírají všechny agentury, aniž by si zkontrolovali, jestli to platí taky u nás.

[Jana Fialová Kučerová, LL]

V zadních řadách vidím nějaké obecné námitky proti konceptu koronaviru, pandemie a tak. Tyto odkážu semhle.

Vědátor vzniká v dílně spolku studentů a popularizátorů vědy UP Crowd za podpory MUDRstart, který tvoří přípravné testy pro studenty vysokých škol. Krom různých autorů projekt jako šéfredaktor vede Ladislav Loukota – jeho kontaktní mail je vedatororg@seznam.cz

Diskuze

Reklama